Eu gosto do editor de tags kid3, mas ele resolveu querer abrir as pastas no lugar do nautilus, então fui atrás de como mudar as associações entre programas e arquivos.
Estes são os arquivos que definem as associações entre tipos de arquivos aos respectivos programas. O restante é relativamente auto-explicativo, mas aqui estão mais detalhes: HOWTO: File Associations (Gnome 2.10)
/usr/share/applications/defaults.list
/usr/share/applications/mimeinfo.cache
~/.local/share/applications/
~/.gnome/share/apps/
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